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BonTsDemuxをLinux（Debian squeeze）で使うことができます．
というか多くの人は苦もなくインストールして使っているでしょう．
ですが私は例によってつまづいたのでメモしておきます．

■Wineをインストールする

WineはLinuxにWindowsのような挙動をさせてWindowsのプログラムをLinux上で実行できるようにするプログラムです．
これをインストールします．squeeze標準のパッケージで問題ありませんでした．

■BonTsDemuxを入手して適当な場所に置く

こちらのリンクからBonTsDemuxを入手して，Linux機の適当な場所に保存します．

■Microsoft Visual C++ 2008 再頒布可能パッケージ (x86) を入手しインストールする

BonTsDemuxの実行にはVisual C++のランタイムが必要なのでインストールします．
http://www.microsoft.com/downloads/ja-jp/details.aspx?FamilyID=9B2DA534-3E03-4391-8A4D-074B9F2BC1BF

ダウンロードしたファイルvcredist_x86.exeをcabextractというコマンドを使って展開します．
解凍後にinstall.exeあるいはsetup.exeというプログラムが出現するはずですので，
それを実行する（ダブルクリックでできるはず）とインストールできます．

■BonTsDemuxを実行する

後はBonTsDemuxを実行するだけです．私の環境ではドラッグアンドドロップは有効になりませんでしたが
それ以外は問題なく動作しているようです．
作成したファイル（5.1ch音声のTSを2ch音声のMPEG2-PSに変換したもの）も
Windowsで変換したものと同様に音ずれやノイズ，再生の可否に問題はありませんでした．